Kiedy w 1618 kaplica św. Jerzego została zniszczona w wyniku powodzi, w ramach rekompensaty ewangelikom oddano niebędący wówczas w użytku kościół św. Ducha. Rok później w sąsiedztwie ratusza powstała luterańska szkoła wyznaniowa, a w 1621 stanowisko diakona polskojęzycznego przekształcono w drugiego proboszcza.
W 1624 miejscem ewangelickich nabożeństw stała się sala zlokalizowana na parterze ratusza miejskiego, do którego w 1632 dostawiono wieżę (pomimo zakazu używania dzwonów przez protestantów wydanego przez katolickiego biskupa chełmińskiego). Prawo własności do kaplicy w ratuszu zostało potwierdzone przez Władysława IV Wazę podczas jego wizyty w Grudziądzu w 1635. Mimo królewskich przywilejów, częste były szykany ze strony duchowieństwa katolickiego, wspieranego czynnie przez organy władzy państwowej. W 1647 rada miejska pod wpływem katolickiego proboszcza zdecydowała o partycypowaniu ewangelików w kosztach remontu rzymskokatolickiego kościoła parafialnego. Zmuszono także protestantów do uczestniczenia w katolickich świętach, proboszcz katolicki pobierał opłaty za ewangelickie pogrzeby i śluby, miał również wgląd w treść kazań głoszonych przez luteran i prawo ich kontrolowania. Protestanci w sprawach duchowych byli też zależni od rzymskokatolickiego biskupstwa chełmińskiego.