Po objęciu urzędu proboszcza przez ks. Sławomira Jessę w 1997 roku, kościół był systematycznie remontowany (wymieniono konfesjonały, oświetlenie, wykonano prace malarskie). Pod koniec lat 90. dokonano remontu wieży kościoła, który sfinansowali zarówno parafianie, jak i członkowie wspólnoty ewangelickiej. 23 marca 2009 roku, w czasie nabożeństwa Koronki do Miłosierdzia Bożego, w kościele wybuchł pożar, do którego przyczyniła się sadza w kominie. Rok później, w czasie nabożeństwa Gorzkich żalów, stare, zamurowane przewody doprowadziły do wybuchu w kruchcie przy wyjściu od strony szpitala. Dwa miesiące później, 29 maja, powiększyło się zarysowanie na suficie i pojawiło się wybrzuszenie nad wejściem, co groziło zawaleniem sufitu. Z tego powodu na ponad tydzień kościół został zamknięty. Po inspekcji konserwatora zabytków i chwilowym podparciu sufitu belami, kościół został otwarty, ale wymaga gruntownego remontu. 7 lutego 2012 roku nastąpiła poważna awaria komina. W wyniku nieszczelności przewodu kominowego, dym przedostał się do wnętrza świątyni. W związku z koniecznością niezbędnego remontu świątynia została zamknięta, a większość jej wyposażenia liturgicznego przeniesiona do kaplicy parafialnej i plebanii. 20 grudnia 2012 roku podpisano akt notarialny, którym Skarb Państwa przekazał prawo własności kościoła kurii metropolitalnej.