Pierwszy bieg maratoński wzbudził zainteresowanie u Greków. Kilka miesięcy przed igrzyskami przeprowadzono nabór w wojsku i wśród listonoszów, aby wyłonić najlepszych zawodników, których zgromadzono w specjalnym ośrodku przygotowawczym. Greków chętnych do uczestnictwa w zawodach nie brakowało. Według niektórych źródeł trzech z nich zginęło w przygotowaniach przedolimpijskich. Przed igrzyskami rozegrano dwa biegi maratońskie dla greckich zawodników, które były niejako kwalifikacjami do biegu olimpijskiego. Dwóch biegaczy miało przebiec ten dystans już w lutym 1896 – jednym z nich był Jeorjos Grigoriu (uzyskał czas 3 godzin i 45 minut). thumb|Zawodnicy w trakcie przygotowań do igrzysk, w środku Charilaos Wasilakos
Pierwszy oficjalny bieg maratoński rozegrano 10 marca 1896. Z czasem 3 godzin i 18 minut zwyciężył Charilaos Wasilakos, który wyprzedził Spiridona Belokasa (3 godziny 21 minut) i Dimitriosa Delijanisa (3 godziny 33 minuty). Drugi maraton odbył się kilka dni przed igrzyskami w Atenach. Zwyciężył wtedy Joanis Lawrendis (osiągnął wynik 3:11:27), zaś Spiridon Luis, późniejszy mistrz olimpijski, uplasował się na piątym miejscu.