nie zagrał w 13 meczach. 17 listopada 2012 powrócił do gry w wygranych 5:2 derbach północnego Londyn z Tottenhamem. W grudniu zagrał w przegranym 1:2 meczu z czwartoligowym Bradford City A.F.C., po którym Arsenal odpadł z Pucharu Anglii.
2013/2014 mały|Szczęsny przed Emirates Cup 2013 Sezon rozpoczął od przegranego 1:3 spotkania z Aston Villą. Zachował czyste konta w kolejnych meczach: z Crystal Palace (2:0), a także z Liverpoolem (2:0) i Borussią Dortmund (1:0) w Lidze Mistrzów.
16 listopada 2013 podpisał nowy, długoterminowy kontrakt z Arsenalem. 26 listopada w wygranym 2:0 meczu Ligi Mistrzów z Olympique Marsylia zachował swoje 50. czyste konto w barwach Arsenalu. 18 stycznia 2014 przeciwko Fulham rozegrał swój 100. mecz w Premier League. 11 marca, w 38. minucie rewanżowego meczu 1/8 finału Ligi Mistrzów z Bayernem Monachium (0:2), został ukarany czerwoną kartką za sfaulowanie w polu karnym Arjena Robbena, zostając tym samym 100. piłkarzem, który został wyrzucony z boiska za kadencji Wengera.
W sezonie 2013/2014 zagrał łącznie w 37 spotkaniach ligowych, w których 16 razy zachował czyste konto, dzięki czemu, wraz z Petrem Čechem z Chelsea, otrzymał Złotą Rękawicę Premier League. Został także wybrany przez kibiców do drużyny sezonu.