Członek Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie (od 1985).
Ostatnie lata życia w Polsce Po raz pierwszy po wojnie przyjechał do Polski w sierpniu 1989 na zaproszenie Lecha Wałęsy. 21 lipca 2002 powrócił na stałe, zamieszkał w Warszawie. Przez cały czas honorowany angażował się aktywnie w działalność polityczną.
W wyborach prezydenckich w 1995 r. Nowak-Jeziorański poparł Lecha Wałęsę, uważając go za gwarancję kontynuacji prozachodniej polityki zagranicznej Polski. Został przez niego zaproszony do debaty telewizyjnej z Aleksandrem Kwaśniewskim, któremu wspólnie z Jerzym Markiem Nowakowskim zadawał pytania.
W czasie kampanii wyborczej w 2000 r. nie popierał ponownej elekcji Aleksandra Kwaśniewskiego. Ostatecznie poparł kandydaturę Andrzeja Olechowskiego.
Zwycięstwo Sojuszu Lewicy Demokratycznej w wyborach parlamentarnych w 2001 r. uznał za ważny krok w kierunku integracji z Unią Europejską i, mimo swego sceptycznego podejścia do lewicy postkomunistycznej, w wywiadzie dla polskiego radia powiedział: Ja mogę nie lubić tego rządu, ale on został wyłoniony w wolnych wyborach i jest moim rządem, bo jest rządem polskimJan Nowak-Jeziorański, Program I Polskiego Radia, 25.11.2001..