z 2012 sytuuje gastonię w rodzinie Nodosauridae.
Szczegóły budowy uzbrojenia sugerują wyodrębnienie gastonii i polakanta do odrębnej podrodziny Polacanthinae. Kirkland w 1998 umieścił ją w obrębie rodziny Ankylosauridae. Jednakże Carpenter, wcześniej podzielający pomysł Kirlkanda, w 2001 podniósł takson do rangi osobnej rodziny o nazwie Polacanthidae, grupy siostrzanej dla Ankylosauridae w obrębie kladu Ankylosauria. Oprócz gastonii i polakanta umieścił w niej hileozaura, mymurapetę, hoplitozaura i gargojleozaura. Umieszczenie gastonii w takiej rodzinie poparli inni badacze. Jednakże z późniejszych badań wynikło, że monofiletyzm takiej grupy byłby oparty na słabych podstawach, lub wręcz, że takie Polacanthinae/Polacanthidae byłyby parafiletyczne. Z analiz przeprowadzonych przez Vickaryousa i współpracowników (2001) oraz Hilla i współpracowników (2003) wynika, że Gastonia była bliżej spokrewniona z Ankylosaurinae, niż z innym domniemanym przedstawicielem Polacanthinae/Polacanthidae, tj. z rodzajem Gargoyleosaurus;