Z dniem 25 lutego 1925 major Bogusław Kunc został przeniesiony z Departamentu I Piechoty Ministerstwa Spraw Wojskowych do Korpusu Ochrony Pogranicza na stanowisko dowódcy 16 batalionu granicznego. Długość ochranianego przez batalion odcinka granicy wynosiła 87 kilometrów, przeciętna długość pododcinka kompanijnego to 29 kilometrów, a strażnicy 6 kilometrów. Odległość dowództwa batalionu od dowództwa brygady wynosiła 17 kilometrów.
W lipcu 1929 przyjęto zasadę, że bataliony przyjmą nazwę miejscowości będącej miejscem ich stacjonowania. Obok nazwy geograficznej, do 1931 stosowano również numer batalionu. W tym czasie batalion na uzbrojeniu posiadał 838 karabinów Mauser wz. 1898, 49 lekkich karabinów maszynowych Bergmann wz. 1915 i 8 ciężkich karabinów maszynowych Maxim wz. 1908.
W wyniku reorganizacji batalionu w 1931, w miejsce istniejących plutonów karabinów maszynowych, utworzono kompanię karabinów maszynowych. Rozwinięto też kadry kompanii szkolnej do pełnoetatowej kompanii odwodowej.