W kwietniu 1936 wyróżniony tytułem papieskiego prałata domowego, a od władz państwowych otrzymał Złoty Krzyż Zasługi po raz pierwszy, a w grudniu 1938 – za osiągnięcia na polu pracy społecznej - po raz drugi.
11 września 1939 został uwięziony przez hitlerowców na 2 dni w toruńskim więzieniu zwanym „Okrąglakiem”. W październiku 1940 roku przez kilkanaście dni był osadzony w KL Stutthof. Tuż po wojnie niemiecki ordynariusz gdański Karol Maria Splett, pełniący zarazem obowiązki administratora diecezji chełmińskiej, mianował ks. Janka rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie oraz wikariuszem generalnym diecezji gdańskiej. Jank nie objął jednak tych funkcji – dekrety biskupa Spletta zostały zawieszone decyzją prymasa Hlonda, przebywającego w sierpniu 1945 w Pelplinie. Jank kontynuował działalność w Toruniu, gdzie został dziekanem toruńskim i bierzgłowskim, duszpasterzem akademickim utworzonego Uniwersytetu Toruńskiego, a w październiku 1946 rektorem Katolickiego Instytutu Kultury Religijnej. W grudniu 1946 powołany został w poczet kanoników kapituły katedralnej chełmińskiej.