Jedynym zachowanym zabytkiem ruchomym jest duży barokowy krucyfiks zawieszony na elewacji wschodniej. Mozaikowe tło ołtarza głównego zaprojektował Krzysztof Cander. Do 1945 r. zachowany był jeszcze barokowy ołtarz i wykonane po 1900 r. witraże z postaciami patronów różnego sił zbrojnych.
Obok wschodniej części kościoła od ul. Klasztornej wznosi się piętrowy Pałac Opatek – furta z sienią wjazdową na teren zabudowań – piętrowy budynek o malowniczej, nietypowo rozwiązanej fasadzie, podzielonej pilastrami, w których w dwóch kondygnacjach wnęk rozmieszczono 8 drewnianych późnobarokowych figur zakonnych świętych. Budynek kryty jest czterospadowym dachem. Kompleks właściwego klasztoru składa się z 2 budynków na zachód od kościoła, jednego w przedłużeniu jego osi wzdłuż ul. Wodnej, drugiego wzniesionego na krawędzi wiślanej skarpy (i na linii średniowiecznych murów obronnych), o rzucie zbliżonym do załamanej litery L. Piętrowe elewacje zdobione są pilastrami, dachy są dwuspadowe, a wyróżniającym akcentem są wysokie wolutowe szczyty na krańcach elewacji. Wnętrza uległy całkowitemu przekształceniu podczas odbudowy na cele muzealne. Pierwotnie na przedłużeniu linii korpusu klasztoru ku wschodowi wzdłuż murów wznosiły się zabudowania gospodarcze.