W ostatnich dniach sierpnia 1939 12 Litwinów – posiadających przydziały mobilizacyjne rezerwistów Wojska Polskiego, nie chcących stawić się do jednostek, pod osłoną nocy wypłynęło na jezioro Gaładuś w kierunku brzegu litewskiego. Patrol KOP wezwał ich do powrotu. Gdy nie było reakcji, żołnierze otworzyli ogień. Jeden z Litwinów został ranny, pozostali dopłynęli do brzegu litewskiego. Ranny rezerwista zmarł wkrótce w szpitalu w Kownie. Jego zwłoki przywieziono do rodzinnej wsi.
Bataliony sąsiednie: batalion KOP „Suwałki” (odwodowy) ⇔ batalion KOP „Orany”
Walki batalionu thumb|Pomnik w Gibach upamiętniający walki Batalionu KOP „Sejny” Do 5 września trwał w batalionie stan pogotowia bojowego. Wystawiono posterunki OPL, kontynuowano szkolenie, ostre strzelania, przestrzeliwanie broni. Wydano ostrą amunicję. Patrolowano pogranicze, Sejny i inne większe osiedla. 5 września dowódca batalionu otrzymał rozkaz przejścia batalionem do Suwałk i zameldowania się u dowódcy 3 pułku piechoty KOP płk. Zdzisława Zajączkowskiego. Kompanie graniczne zeszły znad granicy z Litwą. Wymarsz batalionu nastąpił 6 września. W Suwałkach, ppłk Osmola podporządkował sobie wszystkie pododdziały tam stacjonujące: kompanię wartowniczą, ochotniczą kompanię młodzieżową Przysposobienia Wojskowego oraz kompanię leśnego PW.