Według Operation World (2010) największe denominacje protestanckie w Czeskiej Republice to: Ewangelicki Kościół Czeskobraterski (101 tys. wiernych), Czechosłowacki Kościół Husycki (75 tys.), Śląski Kościół Ewangelicki Augsburskiego Wyznania (36 tys.), Luterański Ewangelicki Kościół Augsburskiego Wyznania w Republice Czeskiej (14,5 tys.), Wolny Kościół Ewangeliczny (9,9 tys.), Wspólnota Chrześcijańska (9 tys.), Kościół Adwentystów Dnia Siódmego (9 tys.), Kościół Braterski (7,1 tys.), Czeski Kościół Apostolski (6,8 tys.) i Unia Baptystyczna (3,5 tys.).
Prawosławie
Na terenie Czech działają dwie eparchie Kościoła Prawosławnego Czech i Słowacji: praska; ołomuniecko-brneńska.
Parafia Świętych Piotra i Pawła w Karlowych Warach pozostaje od 1979 w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (zob. artykuł Cerkiew Świętych Piotra i Pawła w Karlowych Warach). Do tego Kościoła należy też parafia św. Ludmiły w PradzeSerwis Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Prawosławie w Czechach [dostęp: 13.03.2014.].
Zob. też: Eparchia budzińska
Świadkowie Jehowy