Chociaż po aksamitnej rewolucji nastąpiło ożywienie zainteresowania religią, jednak było to jedynie zjawisko przejściowe.
Według spisu z 2011 roku tylko 0,8% społeczeństwa identyfikuje się z protestantyzmem. Do największych wyznań należą: Ewangelicki Kościół Czeskobraterski (51 936 wiernych), Czechosłowacki Kościół Husycki (39 276), Kościół Braterski (10 872), Wspólnoty Chrześcijańskie (9387), Śląski Kościół Ewangelicki Augsburskiego Wyznania (8162), Kościół Adwentystów Dnia Siódmego (7394), Kościół Ewangelicko-Augsburski (6645), Czeski Kościół Apostolski (4934), Wolni Chrześcijanie (3458), Unia Baptystyczna (3208).
Wolność wyznania Konstytucja Czech gwarantuje wolność wyznania. Sprawami wyznaniowymi zajmuje się Wydział ds. Kościołów Ministerstwa Kultury. Wszystkie grupy religijne, zarejestrowane oficjalnie (w liczbie 26), otrzymują dofinansowanie ze strony państwa (90 mln $ rocznie). Niektóre z nich (Świadkowie Jehowy, mormoni, Nowy Kościół Apostolski i Kościół Braterski), odmawiają jednak przyjęcia tej pomocy z powodów doktrynalnych. Od 2001 mogą zostać zarejestrowane tylko te grupy religijne, które mają co najmniej 10 tys. wyznawców.