Komputer pracował pod kontrolą systemu operacyjnego System 6.0.7, potrafił jednak korzystać z nowszych jego wersji, do 7.5.5 włącznie. Niewidoczny dla użytkownika wolumin HFS zawierał przeznaczony tylko do odczytu System 6.0.3. Komputer można było uruchomić pod kontrolą systemu w wersji 6.0.3 poprzez przytrzymanie klawiszy Command, Option, X i O podczas startu systemu.
Niektórzy dostawcy modelu Classic dołączali do niego zestaw oprogramowania o nazwie Smartbundle. Zestaw oprogramowania można było również nabyć oddzielnie w cenie 349 USD; zawierał on program do obróbki tekstów WriteNow, arkusz kalkulacyjny Full Impact produkcji Ashton Tate, system baz danych RecordHolderPlus i program graficzny Superpaint 2.0.
Projekt thumb|Standardowo do komputera dołączana była klawiatura Apple keyboard II. Komputer nawiązywał stylistyką do modelu Macintosh 128K Jerry’ego Manocka i Terry’ego Oyamy. Przywoływał pewne elementy tego modelu, pozostawiając niewiele szczegółów „przemysłowego” wyglądu modelu SE. Jedyną pozostałością modelu SE był pas (wgłębienie) na przednim panelu komputera, biegnący wzdłuż szczeliny napędu dyskietek.