W roku 1646 wydał książkę „Wyznanie wiary zborów tych, które się w Polsce Chrystiańskim tytułem pieczętują” zawierającą wyznanie braci polskich. Rok później z tego powodu wyrokiem sejmu warszawskiego został zaocznie skazany na infamię, konfiskatę mienia i karę śmierci. Odtąd Szlichtyng ukrywał się prowadząc jednocześnie swą działalność potajemnie. Następnie wyniósł się do Holandii, gdzie był nauczycielem Zbigniewa Sienińskiego, pobierającego tam nauki. W czasie najazdu Szwedów powrócił chwilowo do Krakowa, jednak po ustąpieniu Szwedów musiał opuścić kraj.
Według Macieja Ptaszyńskiego „wszystkie cechy jego pisarstwa stawiają go w rzędzie najwybitniejszych teologów ariańskich.” Współczesny mu Stanisław Lubieniecki nazywał siebie „przybranym synem” Szlichtynga ze względu na wpływ, który na niego wywarł.
Rodzina Był synem Wolfganga Szlichtynga (zm. 1608 lub 1612) i jego żony Barbary z Arciszewskich. Miał jedną siostrę i czterech braci (w tym XVII-wiecznego poetę Jerzego Szlichtynga). Był bratankiem sędziego i posła na Sejm Jana Jerzego Szlichtynga oraz kuzynem Krzysztofa i Eliasza Młodszego Arciszewskich.