Kościół został poważnie uszkodzony przez powódź w 1997 roku. Woda podmyła wówczas fundamenty i dostała się do wnętrza. Całkowicie zniszczyła kryptę i znajdujący się w niej nagrobek. Świątynię uratowali mieszkańcy wsi, przywiązując ją linami do potężnych drzew. Po ustąpieniu powodzi szybko przystąpiono do gruntownych prac remontowych. W 2003 roku kościół został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Nerwowo było również w roku 2010. Wówczas kościółek otoczono specjalnym kołnierzem, który zabezpieczył go przed zalaniem. W 2014, gdy poziom pobliskich rzek przekroczył stany alarmowe, strażacy PSP w Bochni i z 4 jednostek OSP z terenu gminy Lipnica Murowana zabezpieczyli otoczenie kościoła mobilnymi zaporami wodnymi, które wypożyczono od Państwowej Straży Pożarnej w Bochni.
W roku 2016, dzięki staraniom ks. Zbigniewa Krasa, dotychczasowego proboszcza Parafii św. Leonarda w Lipnicy Murowanej, a obecnego kapelana Prezydenta Andrzeja Dudy oraz Komendanta Państwowej Straży Pożarnej w Bochni – st. bryg. mgr inż. Krzysztofa Kokoszki, 16 marca w Lipnicy Murowanej, została przekazana specjalnie zaprojektowana przez firmę SUPRON1 mobilna zapora przeciwpowodziowa, mająca na celu ochronę światowej klasy zabytku.
Przypisy