Pierwszym dyrektorem Agencji został Jurij Koptiew, który przedtem pracował w NPO Ławoczkin, przedsiębiorstwie wcześniej pracującym nad sondami księżycowymi i wenusjańskimi.
W pierwszych latach swej działalności Agencja nie posiadała odpowiedniego autorytetu ani możliwości wpływu na wiodące biura konstrukcyjne, takie jak przede wszystkim RKK Energia, by narzucić im odgórną, długoplanową wizję rosyjskich przedsięwzięć kosmicznych.
Na trudności te nałożył się kryzys gospodarczy w Rosji. W tej sytuacji Roskosmos szukał własnego miejsca w badaniach kosmicznych, skupiając się na dwóch zagadnieniach: komercyjne starty satelitów oraz turystyka kosmiczna. Roskosmos objął zadania związane z rosyjskim udziałem w Międzynarodowej Stacji Kosmicznej.
22 maja 1999 agencja zmieniła nazwę na Российское авиационно-космическое агентство (Rosyjską Agencję Lotniczo-Kosmiczną), w skrócie Росавиакосмос (Rosawiakosmos). 9 marca 2004 przywrócono wcześniejszą nazwę. W marcu 2004 r. nowym dyrektorem Roskosmosu został Anatolij Perminow, w kwietniu 2011 r. Władimir Popowkin, zaś w październiku 2013 r. Oleg Ostapienko.