Taszkiencka Rada Delegatów Robotniczych i Żołnierskich odrzuciła postulat udziału muzułmanów w nowym rządzie. W związku z tym nastąpił ponowny sojusz dwóch islamskich organizacji, dążących teraz do utworzenia Autonomicznego Rządu Kokandu. Miał być to zalążek przyszłego autonomicznego Turkiestanu, podlegającego prawu szariatuRichard Lorenz, Economic Bases of the Basmachi Movement in the Ferghana Valley, 290.Martha B. Olcott, The Basmachi or Freemen’s Revolt in Turkestan, 1918-24, 354..
Rząd Kokandu zdecydował się poprzeć Białych w wojnie domowejMichael Rywkin, Moscow’s Muslim Challenge, 22.. W lutym 1918 oddziały Armii Czerwonej i Armeńskiej Federacji Rewolucyjnej splądrowały tereny Kokandu. Liczba ofiar wyniosła ok. 25 tys. osóbMartha B. Olcott, The Basmachi or Freemen’s Revolt in Turkestan, 1918-24, 355.. Masakra ta rozzłościła ludność muzułmańską. Irgasz Bej podjął walkę przeciwko bolszewikom, ogłaszając się Najwyższym Przywódcą Armii Islamskiej. Od tego momentu ruch basmaczy zaczął się na dobreRichard Lorenz, Economic Bases of the Basmachi Movement in the Ferghana Valley, 293.. mały|240x240px|Negocjacje bolszewicko-basmackie w Ferganie w 1921 Oddziały zorganizowane przez Irgasza Beja zyskały poparcie duchowieństwa islamskiego Kotliny Fergańskiej.