Okres bydgoski 200px|thumb|Grób Juliana Prejsa na cmentarzu Starofarnym w Bydgoszczy W 1865 r. zamieszkał na stałe w Bydgoszczy, często zmieniając mieszkania. Redagował tu w dalszym ciągu swój Kalendarz, równocześnie, szukając podstaw egzystencji, chwytał się różnych zawodów. Przez wiele lat trudnił się rybołówstwem. Żył w wielkiej biedzie, z trudem mogąc wyżywić rodzinę. Jednak pióra się nigdy nie wyrzekł. W 1884 r. podjął się, atakowany przez „Gońca Wielkopolskiego” i pisarza kaszubskiego Hieronima Derdowskiego, redagowania w Inowrocławiu gazety ludowej „Kujawiak”. Gazeta ta po trzech miesiącach upadła, a Julian Prejs powrócił do Bydgoszczy i pozostał w tym mieście już do śmierci.
Współpracował ze Stanisławem Tomaszewskim, drukarzem i wydawcą gazet „Straż Polska” (1891–1894) i „Gazeta Bydgoska”. Swoim piórem wspierał również inne pisma, np. „Pochodnię inowrocławską”, drukowaną u Tomaszewskiego. Opracował historię bydgoskich bractw Św. Rocha i Św. Anny. Rzadko otrzymywał za swą pracę zapłatę, nazywając siebie z tego powodu „Szczodrym Tomaszem”.