19 maja 1923 ks. kapelan Józef Mamica z Poznania odprawił w nim pierwsze nabożeństwo polskie dla ewangelików wojskowych i cywilnych, jednak na kolejne zarząd parafii unijnej już w tym miejscu nie pozwolił. Ostatecznie polski zbór ewangelicko-augsburski w Grudziądzu zorganizował się w 1931 i ks. Jerzy Kahané z Bydgoszczy pierwsze nabożeństwo odprawił 7 kwietnia właśnie w tym kościele, odtąd już życzliwie udostępnianym przez niemiecką parafię i jej duszpasterza ks. Reinholda Dieballa aż do wybuchu II wojny światowej. Ostatnie niemieckie nabożeństwo ewangelickie odprawił pastor Stöhr 22 stycznia 1945.
Podczas walk o miasto kościół został poważnie uszkodzony, a dom parafialny i jedna z plebanii uległy całkowitemu zniszczeniu. 4 czerwca 1945 opuszczona świątynia została przydzielona w użytkowanie rzymskokatolickiej parafii farnej św. Mikołaja, jednak ostatecznie w latach 1947–1958 zajmowała ją parafia polskokatolicka.