Radykalni Republikanie przedłożyli wówczas kontrpropozycję, autorstwa Benjamina Wade’a i Henry’ego Wintera Davisa, która zakładała znacznie dalej posunięte wykluczenia z legislatur i wymóg większościowej przysięgi lojalności zbuntowanych stanów. Prezydent odrzucił projekt ustawy, co doprowadziło do odcięcia się skrzydła radykałów od ośrodka władzy wykonawczej.
Działalność Przed wyborami prezydenckimi w 1864 roku radykałowie odmówili nominacji Lincolnowi i wsparli kandydaturę Johna Frémonta. Po zabójstwie Lincolna władzę objął Andrew Johnson i radykałowie zaczęli domagać się przyznania czynnych i biernych praw wyborczych Afroamerykanom. Gdy prezydent przedstawił swój plan rekonstrukcji Południa, skrzydło radykalnych republikanów wypowiedziało mu posłuszeństwo, bowiem chcieli traktować dawne stany konfederackie jako ziemie podbite i wprowadzać tam zarząd wojskowy. Ponadto opóźniali powrót kongresmanów z Południa do izb Kongresu. Powołali Komitet Piętnastu (dziewięciu kongresmanów i sześciu senatorów), mający zapewnić kontrolę nad rekonstrukcją władzy ustawodawczej, by lepiej chronić interesów czarnych Południowców. W wyborach do Kongresu w 1866 roku radykałowie uzyskali znaczną przewagę, zdolną do odrzucenia weta prezydenckiego. Sprzeciwiając się polityce Johnsona, intensywnie zabiegali o złożenie go z urzędu.