Morfologia Liście 2–4 odziomkowe, wąskolancetowate, o długości do 20 cm, lśniące i z białym paskiem przez środek liścia. Kwiaty Pojedynczy kwiat na szczycie bezlistnego pędu (kwiat pojawia się bowiem przed rozwojem liści). Kwiat duży, fioletowo-liliowy lub rzadziej biały, o 6 płatkach korony. Słupek jaskrawopomarańczowy, z szyjką o 3 znamionach. Gardziel kwiatu owłosiona. Znamię szafranu zawiera pomarańczowy barwnik – jest to glikozyd protokrocyna. 3 duże, żółte pręciki. Owoce 3-komorowa torebka zawierająca żółtawe nasiona.
Biologia i ekologia Bylina, geofit. Kwitnie od marca do kwietnia. Bardzo długi kielich kwiatu szafranu spiskiego wyrasta bezpośrednio z ziemi, a zalążnia tkwi w glebie. Podczas dojrzewania nasion szypułka kwiatu rośnie, tak, że nasiona wysuwają się ponad glebę. Przy niekorzystnych warunkach pogodowych kwiaty zamykają się. Krokusy kwitną tak wczesną wiosną, że często w czasie ich kwitnienia spada śnieg. Niezapylone kwiaty zwijają się wówczas ciasno w pąki i rozwijają ponownie, gdy stopnieje śnieg. Czasami nawet przebijają śnieg wydzielanym ciepłem i kwitną w śniegu.