Powrót do Newcastle United 150px|thumb|left|Milner wykonuje rzut wolny w sezonie 2006/2007 Gracze Newcastle oraz trener Glenn Roeder zareagowali pozytywnie na powrót Milnera po zakończeniu sezonu. Roeder pochwalił zawodnika za sposób negocjacji w sprawie transferu, mimo wcześniejszych krytycznych uwag mediów wobec Milnera za zbyt duże zaangażowanie w tej sprawie. Potwierdził również, że Anglik będzie grał w wielu meczach. Spowodowało to, że na początku sezonu często występował w wyjściowym składzie.
thumb|125px|Milner rozgrzewa się przed przedsezonowym spotkaniem towarzyskim Newcastle niezbyt dobrze rozpoczęło sezon ligowy, jednak Milner pomógł zespołowi zająć pierwsze miejsce w fazie grupowej Pucharu UEFA. Niedługo po tym zaczęły krążyć plotki, jakoby piłkarz miał zostać sprzedany w zimowym okienku transferowym, jednak zarówno Milner jak i Roeder zdementowali te doniesienia.