Szczególnie poważnym problemem był brak paliwa lotniczego, które Ukraina musiała sprowadzać z zagranicy.
Rezygnacja kraju z posiadania broni jądrowej, wymusiło rezygnację z bombowców dalekiego zasięgu. Po 1994 roku pozostawiono w służbie samoloty Tu-22 w wersji M3. Pozostałe samoloty Tu-16, Tu-22 i Tu-22M2 spisano ze stanów, a Tu-95MS i Tu-160 utrzymywano w sprawności na lotniskach. Po wsparciu finansowym Stanów Zjednoczonych rozpoczęto procedurę ich niszczenia. Rosja chcąc odzyskać Tu-160 odebrała je w zamian za część spłaty długu kraju i 575 rakiet Ch-55. W 2001 roku zniszczono pozostałe samoloty, a przy tym 487 rakiet Ch-55, czemu towarzyszył skandal, gdy sprzedano ich 12 sztuk do Iranu i 6 do Chin. thumb|Baza Lotnicza Stryj
XXI wiek thumb|Ukraińskie MiG-29 podczas misji Bomber Task Force Europe Na początku XXI wieku ogólna sytuacja niedoinwestowanych ukraińskich Sił Powietrznych nie uległa poprawie, a ich stan sprzętowy znacznie się zmniejszył. W 2003 roku podawano liczbę 392 samolotów bojowych w użyciu, a w 2005 roku 204 samolotów bojowych i 39 transportowych. Samoloty zaczęły być w tym okresie malowane w nowoczesny kamuflaż pikselowy.