Inni, wliczając Jacques’a Gauthiera i zwolenników systemu filokodowego, definiują Aves, zaliczając do nich tylko nowoczesne grupy ptaków, a wyłączając większość grup znanych tylko ze skamieniałości i przypisując te do kladu Avialae, aby uniknąć niejasności dotyczących umieszczenia Archaeopteryx w stosunku do zwierząt tradycyjnie uznawanych za teropody Gauthier, Jacques (1986). „Saurischian Monophyly and the origin of birds”, in Kevin Padian: The Origin of Birds and the Evolution of Flight, 1–55. ..
Wszystkie ptaki nowoczesne są umieszczone w podgromadzie Neornithes, która dzieli się na dwa nadrzędy: paleognatyczne (Paleognathae), zawierające głównie strusiopodobne ptaki nielotne, oraz neognatyczne (Neognathae) – obszerny nadrząd zawierający wszystkie pozostałe ptaki. W zależności od przyjętego podziału taksonomicznego, liczba znanych żyjących gatunków ptaków waha się od 10 175 do 11 158Stan na rok 2021..
Klasyfikacja ptaków
Klasyfikacja ptaków jest kwestią sporną. Dotychczasowe próby klasyfikacji były konfrontowane z wynikami najnowszych badań, podważane i ciągle rewidowane.