W 1577 Borowy Młyn był własnością kasztelana śremskiego Jakuba Rokossowskiego. W 1580 odnotowano, że Borowy Młyn miał jedno Koło wodne .
Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość należała do wsi mniejszych w ówczesnym pruskim powiecie Międzyrzecz w rejencji poznańskiej. Borowy Młyn należał do okręgu sierakowskiego tego powiatu i stanowił część majątku Sieraków, którego właścicielem był wówczas rząd pruski w Berlinie. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 29 mieszkańców, którzy zamieszkiwali dwa dymy (domostwa).
W latach 1975–1998 osada administracyjnie należała do województwa poznańskiego.
Obecnie znajduje się tutaj leśniczówka, siedziba leśnictwa Borowy Młyn w Nadleśnictwie Sieraków.
Ochrona przyrody 25px Od 1991 r.