W międzyczasie zdobywał liczne godności i uposażenia kościelne, między innymi probostwo w meklemburskim Tarnowie, kanonię w Bützowie, później kanonie gnieźnieńską, włocławską (tamże później mianowany prepozytem lub nawet dziekanem), poznańską, a wreszcie w roku 1368 (już po uzyskaniu tytułu podkanclerzego) archidiakonat gnieźnieński. Uzyskał też liczne beneficja związane głównie z kapitułą gnieźnieńską i wrocławską.
Kariera u boku Kazimierza Wielkiego W czasie licznych podróży (kronikarz odegrał poważną rolę przy zakładaniu Akademii Krakowskiej, w tej sprawie posłował w 1363 do papieża Urbana V do Awinionu) i ze względu na sprawowane funkcje, Jan z Czarnkowa zawierał liczne znajomości z dygnitarzami Królestwa posiadającymi duże wpływy na dworze. Jego przyjaciel jeszcze z czasów meklemburskich Henryk Cropelin, poseł i notariusz króla Kazimierza, odgrywał znaczną rolę w kontaktach władcy z papiestwem. Sojusznikiem Janka w kancelarii królewskiej był również Henryk z Ruszkowa, będący być może krewnym kronikarza. Duże wpływy na dworze krakowskim posiadał biskup Andrzej z Wiślicy, jego protektor.