Problem synonimizowania z Scansoriopteryx Epidendrosaurus należy do rodziny Scansoriopterygidae, którą tworzy wraz z rodzajem skansoriopteryks, które są do siebie bardzo podobne i przez wielu uważane za synonimy. Oba pochodzą z tej samej formacji geologicznej. Poza tym nie znaleziono innych bliskich krewnych obu dinozaurów (lub już ptaków). Kwestia synonimizowania obu rodzajów jest ciekawym przykładem działania zasad nazywania zwierząt, którymi zajmuje się Międzynarodowa Komisja Nomenklatury Zoologicznej (International Commission on Zoological Nomenclature). Status nazwy Epidendrosaurus jest niepewny. Typowa skamieniałość Epidendrosaurus została opisana online kilka miesięcy przed bardzo podobnym Scansoriopteryx i została opublikowana drukiem po opisaniu skansoriopteryksa. Oba dinozaury są tak podobne, że prawdopodobnie tworzą jeden rodzaj, w związku z czym nazwa nadana wcześniej opisanemu rodzajowi ma pierwszeństwo. I tutaj powstaje problem – bowiem niejasny jest status nazw opublikowanych drogą internetową. ICZN ustanowiła poprawkę do kodeksu w świetle której pierwszeństwo ma nazwa Epidendrosaurus, jeżeli zostanie ona uchwalona.