Humberto Cota Gil o część ataków w meksykańskim Sinaloa podejrzewa natomiast nietoperza widmowca wielkiego (Vampyrum spectrum). Jest to największy znany drapieżny nietoperz, którego skrzydła mogą mieć nawet 80 cm rozpiętości. Odżywia się owadami, gadami, płazami, małymi ptakami i niewielkimi ssakami (nawet innymi nietoperzami). Problemem pozostaje jednak to, że zasięg jego występowania nie obejmuje północnego Meksyku.
Kolejnym „kandydatem” jest południowoamerykański lelek Caprimulgus longirostris. To nocny ptak, odżywiający się owadami, występujący od Wenezueli do Argentyny. Część badaczy jest zdania, iż jest on odpowiedzialny za niektóre „obserwacje” chupacabry. Zwracają oni również uwagę na fakt, że hiszpańska nazwa tego gatunku to chotacabras.
UFO i kosmici
Spora część wyjaśnień wiąże relacje ze spotkań z rzekomą chupacabrą i okaleczenia kóz, kur, gęsi itd. z częstymi obserwacjami niezidentyfikowanych obiektów latających (które miały następować w niedługim czasie przed lub po spotkaniach z chupacabrą). Najczęściej pojawiające się teorie mówią o tym, że stworzenie to jest kosmitą, zwierzęciem domowym „obcych” lub też istotą (celowo lub przez przypadek) przetransportowaną przez nich na Ziemię z innej planety. .