Wydział Nauk Historycznych Instytut Archeologii Instytut Historii i Archiwistyki Wydział Nauk o Polityce i Bezpieczeństwie Instytut Nauk o Polityce Instytut Nauk o Bezpieczeństwie Wydział Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej Instytut Nauk o Ziemi i Środowisku Instytut Geografii Społeczno-Ekonomicznej i Gospodarki Przestrzennej Wydział Prawa i Administracji Wydział Sztuk Pięknych Instytut Sztuk Plastycznych i Konserwacji Dzieł Sztuki Instytut Historii Sztuki i Dziedzictwa Kulturowego Wydział Teologiczny
Jednostki ogólnouczelniane i międzywydziałowe Krajowe Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej Centrum Optyki Kwantowej Interdyscyplinarne Centrum Nowoczesnych Technologii Centrum Transferu Technologii Instytut Medycyny Weterynaryjnej Centrum Badań i Konserwacji Dziedzictwa Kulturowego (założone w 2023 roku)
Jednostki niepubliczne afiliowane jako sekcje Wydziału Teologicznego Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Toruńskiej Wyższe Seminarium Duchowne w Pelplinie