Na Wydziale Humanistycznym zlikwidowano większość kierunków studiów, pozostawiając wyłącznie historię i polonistykę. Ze względów politycznych kilku profesorów (m.in. Konrada Górskiego i Henryka Elzenberga) odsunięto od pracy dydaktycznej. W połowie lat 50. powołano Studium Nauki Języków Obcych i Studium Wychowania Fizycznego.mały|Collegium Maius mały|Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu oraz Wydział Nauk o Ziemi i Gospodarki Przestrzennej mały|Wydział Chemii mały|Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej mały|Wydział Matematyki i Informatyki mały|Collegium Jana Pawła II Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Po polskim październiku 1956 przywrócono do pracy odsuniętych profesorów oraz rozbudowano strukturę organizacyjną. W 1958 roku przywrócono Wydział Prawa. Na początku lat 60. UMK ożywiło kontakty z zagranicznymi uniwersytetami. W czerwcu 1959 roku szwedzki astronom prof. Bertil Lindblad jako pierwszy zagraniczny naukowiec uzyskał doktorat honoris causa UMK. W latach 60. wybudowano cztery domy studenckie, następne pawilony obserwacyjne w Piwnicach. W 1965 roku władze Torunia przekazały UMK część budynku przy placu Teatralnym dla potrzeb historii oraz (w następnych latach) ekonomii. W 1962 roku władze centralne podjęły decyzję o sfinansowaniu budowy kampusu.