W 1855 Howe chwilowo odszedł od polityki angażując się w nietypowe dla swej kariery zadanie – rekrutację oddziałów wojskowych na wojnę krymską. Bezpośrednio potem konflikt pomiędzy katolickimi a protestanckimi frakcjami partii liberalnej doprowadził do znacznego jej osłabienia. Dopiero w 1860 partia powróciła do władzy. Howe został najpierw ministrem bez teki w gabinecie Williama Younga, a gdy ten odszedł do pracy w systemie sądowniczym, Howe został liderem partii i premierem rządu. W 1862 zrezygnował z premierostwo i objął ważne ministerstwo rybołówstwa.

Howe nie wziął udziału ani w konferencji w Charlottetown, ani Quebecu. Znał jednak doskonale wyniki obu i był ich wielkim przeciwnikiem. W serii dwunastu artykułów Botheration Letters poddał je miażdżącej krytyce. Wydawało się, że opinia publiczna Nowej Szkocji podziela jego poglądy. Wskutek jednak zakulisowych zabiegów politycznych i silnego poparcia władz w Londynie największy przeciwnik polityczny Howe'a, Charles Tupper przeforsował sprawę przystąpienia Nowej Szkocji do Konfederacji. Wobec takiego obrotu sprawy Howe, którego także prywatne zabiegi w Londynie nie dały rezultatu, powołał nową partię zwaną Partia Antykonfederacyjna Nowej Szkocji, której głównym celem było obrona interesów prowincji.