Premier W czasie międzypartyjnych rozmów dotyczących podziału władzy po wyborach, Prachanda zapowiedział rezygnację z ubiegania się o stanowisko pierwszego prezydenta Nepalu. W zamian ogłosił gotowość sformowania rządu pod swoim przywództwem. Po długich negocjacjach, poparcia udzieliły mu ostatecznie Komunistyczna Partia Nepalu (Zjednoczenie Marksistowsko-Leninowskie) oraz Madhesi Janadhikar Forum. Kongres Nepalski wystawił własnego kandydata, Sher Bahadura Deubę. 15 sierpnia 2008 Zgromadzenie Konstytucyjne wybrało Prachandę nowym szefem rządu. Prachanda otrzymał 464 głosy poparcia, podczas gdy Deuba uzyskał 113 głosów. 18 sierpnia 2009 Prachanda został oficjalnie zaprzysiężony na stanowisku premiera. Po dojściu do władzy KPN (M) oficjalnie zrezygnowała z ideologii maoizmu deklarując że „w czasach Mao nie były rozwinięte koncepcje federalizmu i pluralizmu politycznego, a teraz mamy oba”, zmiana ideologiczna została poparta przez samego Prachandę.