W przerwie letniej przed rozpoczęciem sezonu 2001/2002 włoska prasa informowała o zainteresowaniu zawodnikiem ze strony Brescii Calcio, w której występował inny polski reprezentant – Marek Koźmiński. Z kolei niemiecka prasa pisała, iż wysłannicy Borussii Mönchengladbach obserwowali Tomasza Frankowskiego w meczu z Legią Warszawa w poprzednim sezonie. Polskie media donosiły, że kwota, za którą krakowski klub byłby skłonny sprzedać swojego najlepszego napastnika, wynosić miała 7 mln marek.
Spotkanie rozgrywane między Wisłą Kraków a Widzewem Łódź 30 września 2001 było setnym meczem Tomasza Frankowskiego w najwyższej klasie rozgrywkowej w Polsce.
W meczu rozgrywanym 17 października 2004 pomiędzy Odrą Wodzisław a Wisłą Kraków strzelił swoją setną bramkę w polskiej ekstraklasie.
Sezon 2004/2005 mały|Przebieg rywalizacji o tytuł króla strzelców w poszczególnych kolejkach sezonu 2004/2005 W meczu 19. kolejki, w której gracze Wisły Kraków pokonali Amikę Wronki (1:0) i przełamali passę trzech remisów, odniósł kontuzję. Początkowo zdiagnozowano, że może być to odnowienie kontuzji mięśnia lewego przywodziciela, która w 2002 wyłączyła zawodnika z gry na pół roku.