Sezon 2005/2006 Przed sezonem wypowiedział się na temat letnich zmian w klubie – prezesem został Zdzisław Kapka, stanowisko trenera objął Jerzy Engel. Negatywnie ocenił zwolnienie Henryka Kasperczaka w 2004, argumentując, iż przykład czeskiego trenera pokazał, że nie jest tak łatwo Wisłę poukładać, aby grała efektownie, co udawało się Henrykowi Kasperczakowi. Za styl gry Wisły w poprzednim sezonie obarczył zwolnionego trenera. Natomiast z nadziejami wypowiedział się o nadchodzącym sezonie, uważając, że nowi zawodnicy zdołają zastąpić Macieja Żurawskiego, który został sprzedany do Celticu Glasgow.
W lipcu Tomasz Frankowski został nowym kapitanem Wisły Kraków. W pierwszym meczu sezonu przeciwko Górnikowi Łęczna nie zdołał strzelić gola. Premierowe trafienie zaliczył w drugiej kolejce w zwycięskim meczu z drużyną GKS Bełchatów (3:0). W trzeciej kolejce przeciwko wicemistrzowi kraju, Dyskobolii Grodzisk Wielkopolski, strzelił dwa gole, a mecz zakończył się rezultatem 4:2 dla Wisły. Cztery dni później krakowianie rozegrali pierwszy z dwóch meczów decydujących o starcie w fazie grupowej Ligi Mistrzów z greckim Panathinaikosem AO. W domowym meczu wygrali 3:1, a jedną z bramek zdobył Tomasz Frankowski. Po meczu media pozytywnie oceniały szanse na awans polskiego zespołu do Ligi Mistrzów.