W roku 1857 został przewodniczącym komisji wyłonionej z Oddziału Archeologii do oddzielenia kolekcji Towarzystwa od zbiorów uniwersyteckich, prace ukończono w roku 1864 zaś Muzeum Towarzystwa zostało przeniesione do nowej siedziby już w 1861 roku (chociaż wtedy nie była jeszcze ukończona). W 1857 roku Wileńska Komisja Archeologiczna połączona z Muzeum Starożytności w Wilnie mianowała Józefa Łepkowskiego swym członkiem rzeczywistym. W lutym 1858 r. został jednym z członków komitetu do organizacji Wystawy Starożytności, którą miało przygotować Towarzystwo. W latach 1862–1870 Józef Łepkowski piastował funkcje wiceprezesa Oddziału Archeologii i Sztuk Pięknych, forsował wtedy poglądy, iż do głównych zadań stawianych przed archeologią jest konserwacja i opieka nad zabytkami. W latach sześćdziesiątych XIX wieku obok sprawowanych stanowisk badacz ten wyróżniał się ogromem pracy indywidualnej, uratował wiele zabytków i przeprowadził wiele badań wykopaliskowych na terenach całej Polski, którym poświęcił wielką liczbę rozpraw naukowych. W roku 1863 Józef Łepkowski habilitował się na Uniwersytet Uniwersytecie Jagiellońskim w zakresie archeologii średniowiecznej z zastosowaniem do zabytków słowiańskich i polskich. Dwa lata później otrzymał tytuł doktora filozofii oraz jako docent prywatny prowadził wykłady z historii sztuki średniowiecznej.