Jakubek popierał pogląd, że „słowo boże” powinno być „szerzone mieczem”. Ten pogląd przyjęli taboryci i uczynili z niego podstawę ideową swojej walki zbrojnej. To wywołało spór między Jakubkiem i Piotrem Chelczyckim.
Dzieła Twórczość Jakubka odzwierciedla ostre spory teologiczne epoki wokół kwestii eucharystii. Największą rolę odegrał Jakubek w ustaleniu podstawowych zasad teologii husyckiej. Jego dzieła to: Česká postila Tractatus super lamentationes Jeremiae (Traktat o biadaniach Jeremiasza) Consilium de pacificando regno (Rozważania o królestwie szerzącym pokój) Sermones repraesentati a Jacobello per circulum anni (Kazania Jakubka na cały rok) Vindiciae contra Andream Brodam pro communione plebis sub utraque specie (Poparcie dla komunii powszechnej pod dwiema postaciami, przeciwko Andrzejowi z Brodu) – to dzieło, opierając się na Biblii, popiera poglądy utrakwistów i potępia Andrzeja z Brodu. Apologia pro communione plebis sub utraque specie (Pochwała komunii powszechnej pod dwiema postaciami) – to dzieło jest odpowiedzią na zakaz utrakwizmu, ogłoszony przez Sobór w Konstancji. Zpráva, jak Sněm konstantský o svátosti večeře Kristovy nařídil (O tym, jak Sobór w Konstancji osądził Wieczerzę Pańską). Demonstratio per testimonia scripturae, patrum actue doctorum, communicatonem calicis in plebe christiana esse