Pod koniec 1808 r. diuk Dalmacji objął naczelne dowództwo wojsk w Hiszpanii. Tam przez kilka lat toczył ciężkie boje z partyzantami i z angielską armią generała Artura Wellesleya, późniejszego księcia Wellington. Nie zapisał się tak dobrze w pamięci Hiszpanów jak marszałek Suchet. Nie stronił od grabieży i prześladowań. Zamiłowany kolekcjoner sztuki swoje zbiory uzupełniał w niekonwencjonalny sposób. Opowiadał nieraz, nawet pod koniec życia, że dzieło Murilla Wniebowzięcie Panny Marii kosztowało go życie dwóch hiszpańskich mnichów, których ułaskawił w zamian za obraz. Działania wojenne toczyły się ze zmiennym szczęściem. Nie mogąc liczyć na pomoc, po przegranych Napoleona w Rosji i w bitwie pod Lipskiem, ostatecznie musiał się wycofać. W kwietniu 1814 roku doznał decydującej porażki pod Tuluzą.
W okresie pierwszej restauracji uznał Ludwika XVIII, ale po powrocie Napoleona z Elby przyłączył się do niego. Podczas kampanii zakończonej bitwą pod Waterloo był szefem sztabu armii. Niektórzy uważają, że jedną z przyczyn klęski Francuzów był brak na tym stanowisku marszałka Berthiera.