Jedną z najbliższych współpracowników profesora była jego żona, także biolog Zofia Weigl, a asystentką późniejsza druga żona Anna Herzig.

Instytut dawał skuteczną ochronę zatrudnionym w nim pracownikom, którymi byli – dzięki patriotycznej postawie prof. Weigla – przedstawiciele nauki, kultury i ruchu oporu, szczególnie narażeni na represje okupantów i pozbawieni środków do utrzymania. Wielkie znaczenie w okresie okupacji hitlerowskiej miała możliwość uzyskiwania legitymacji zakładowych na blankietach firmowanych przez Oberkomando der Wehrmacht, dających swobodę poruszania się bez obawy zatrzymania w akcjach policyjnych takich jak łapanki i wywozy do Niemiec na roboty. Na legitymacji widniał napis „Institut für Fleckfieber- und Virusforschung des Oberkommando des Heeren”. W przypadku karmicieli wszy laboratoryjnych istniała konieczność przebywania jedynie ok. godziny w Instytucie, co dawało możliwość wykorzystywania pozostałego czasu na inne cele (konspiracyjne, naukowe itd). Z tych względów osoby związane z działalnością podziemną pracowały przeważnie w instytucie jako karmiciele wszy zdrowych.