W latach 1981–1983 wybuchł konflikt określany jako wielka wojna klanów. W wyniku tej wojny mafiosi z Corleone przejęli kontrolę nad cosa nostrą. Równolegle Riina wszczął wojnę z państwem włoskim, każąc zabijać sędziów, prokuratorów, policjantów i polityków. Celem tego było zastraszenie państwa włoskiego. Wśród jego ofiar byli m.in. Giovanni Falcone i Paolo Borsellino.
Aresztowanie Śmierć Falcone i Borsellino wywołała ogólnokrajowe oburzenie i falę protestów, które zmusiły władze do działania. Rząd zdecydował o wyprowadzeniu wojska na ulice Palermo. 15 stycznia 1993 Riina został aresztowany w Palermo. Podczas aresztowania zaklinał się, że jest tylko zwykłym księgowym, ale nie chciał odpowiedzieć na pytanie, dla jakiej firmy pracuje. W areszcie podziękował policjantom, że dobrze go traktowali. W czasie przesłuchania twierdził, że nigdy nie słyszał o mafii i nie wie, że jest jednym z najbardziej poszukiwanych ludzi we Włoszech.
Radość z aresztowania Riiny przyćmił fakt, że do chwili aresztowania mieszkał w Palermo nie niepokojony przez nikogo. Był leczony na cukrzycę, a jego dzieci zostały przyjęte do szpitala pod swoimi prawdziwymi nazwiskami.