Diecezja wchodziła w skład metropolii ryskiej, co przez 300 lat było kolejnym powodem do zatargów.
W VIII punkcie II pokoju toruńskim stwierdzono: Również, aby można było rozwiać zupełnie poszczególne chmurki nienawiści i uraz przez zjednoczenie niniejszego pokoju i przymierza, doszliśmy dla dobra pokoju i zgodziliśmy się między sobą ze wspomnianym najjaśniejszym panem Kazimierzem królem i Królestwem jego Polskim, że biskupstwo chełmińskie wróci do kościoła gnieźnieńskiego, a odtąd i nadal będzie wspomnianemu kościołowi polskiemu i gnieźnieńskiemu jako prymasowskiemu we wszystkim posłuszne i poddane, a z zakonnego na świeckie z łaski i władzą papieża ma być przemienione, na co zarówno my Ludwik mistrz, (jak) i komturowie nasi wyraźną daliśmy i dajemy zgodę: (Biskupstwo to), ze swoją diecezją i wszystkimi grodami, miastami, miasteczkami i twierdzami, mianowicie Chełmżą, Lubawą, Kurzętnikiem, Wąbrzeźnem i wszystkimi okręgami, szlachtą, wasalami, wsiami i przynależnościami wszystkimi, pozostanie pod władzą, opieką i obroną wspomnianego pana Kazimierza króla, i Królestwa jego Polskiego. Nie zostało to jednak zrealizowane.mały|Herb diecezji chełmińskiej|lewoTakże po II pokoju toruńskim w 1466 roku część diecezji pomezańskiej znalazła się w granicach Prus Królewskich. Tereny te zostały już w XV w.