Początkowo Taylor starał się zaprowadzić ład w pogrążonym w chaosie kraju. Dzięki międzynarodowej pomocy poprawiła się sytuacja mieszkańców doszczętnie zniszczonej stolicy. Nastąpiła odbudowa administracji państwowej oraz reforma armii. Jednak rządy Taylora były coraz bardziej autorytarne, opierały się na tajnej policji oraz zdominowanej przez bojowników NPFL armii. Po opuszczeniu Liberii przez oddziały ECOMOG w 1999 r. do działań przystąpili zwolennicy byłego dyktatora Samuela Doego. W międzyczasie ONZ oskarżyła Taylora o uzbrojenie i trenowanie rebeliantów w sąsiednim Sierra Leone oraz o zbrodnie przeciwko ludzkości.
II wojna domowa, ruch kobiet liberyjskich na rzecz pokoju i zmiana rządu Pierwsze po 1997 roku poważne problemy z bezpieczeństwem wewnętrznym Liberii odnotowano w kwietniu 1999 roku, gdy nieznana wcześniej uzbrojona banda zaatakowała tereny przy granicy z Gwineą. Stało się to powodem ataków (z początku dyplomatycznych) Charlesa Taylora na władze w Konakry za wspieranie rebelii. Do kolejnych walk w przygranicznym hrabstwie Lofa doszło w sierpniu. Taylor zaczął przygotowywać wraz ze sprzymierzeńcami w Sierra Leone i gwinejskimi dysydentami rebelię przeciw rządowi Gwinei.