Latem 2002 Štajner trafił do niemieckiego Hannoveru. W Bundeslidze zadebiutował 11 sierpnia 2002 roku w przegranym 1:2 wyjazdowym spotkaniu z Hamburger SV, w tydzień później strzelił swojego pierwszego gola w lidze, ale Hannover uległ na własnym stadionie 1:3 TSV 1860 Monachium. W 2003 roku zajął z Hannoverem 11. pozycję w lidze. W klubie tym spędził także rundę jesienną sezonu 2003/2004, a zimą został na pół roku wypożyczony do Sparty Praga, z którą został wicemistrzem Czech. Od początku sezonu 2004/2005 wywalczył sobie pewne miejsce w ataku Hannoveru, w którym występował w kolejnych sezonach z Thomasem Christiansenem, Thomasem Brdariciem, Wahidem Haszeminame czy Arnoldem Brugginkiem. W Hannoverze grał do końca sezonu 2009/2010 i w klubie tym rozegrał łącznie 218 spotkań, w których strzelił 42 gole.
W 2010 roku Štajner zdecydował się wrócić do ojczyzny i po raz drugi w karierze został piłkarzem Slovana Liberec. Następnie grał w FK Mladá Boleslav i FC Oberlausitz Neugersdorf. W 2015 zakończył karierę.