Po powrocie otrzymał dowództwo części Armii Oceanu, potem armii przeznaczonej przeciw królowi szwedzkiemu. Wyprawa przebiegła pomyślnie, jednak tuż po zawarciu pokoju został odwołany i pozostał bezczynny aż do upadku Cesarstwa. Przez to, gdy Ludwik XVIII wrócił na tron, Brune natychmiast się za nim opowiedział. Jednak gdy Napoleon wrócił do Francji, Brune postanowił dla niego walczyć. Po Waterloo otrzymał rozkaz powrotu do Paryża. Po drodze jednak napadnięto go w Aix, udało mu się jednak ocalić. Dopadnięto go natomiast w Awinionie, gdzie zginął. 2 sierpnia 1815 napadnięto go w domu zajezdnym i zastrzelono. W czasie pogrzebu motłoch wyrwał ciało z rąk tragarzy i wrzucił je do Rodanu.
Guillaume Brune był podobny do Soulta: mierny dowódca, świetny organizator i administrator. Dodatkowo obdarzony był duszą artysty, dzięki czemu spod jego pióra wyszło tyle (mało znanych) utworów. Lepiej czuł się, siedząc na stołku i mając przed sobą stół z górą papierów, niż na koniu, patrząc na nieprzyjacielskie kolumny.
Odznaczenia 1804: Krzyż Wielki Legii Honorowej