Przeszedł z nim kampanię 1807 roku przeciw Prusakom oraz przeciw Austriakom w 1809 roku w wojnie polsko-austriackiej pod dowództwem Józefa Poniatowskiego.
W 1812 lekarz naczelny armii polskiej podczas inwazji na Rosję, a od 1817 profesorem chirurgii w Królewskim Uniwersytecie Warszawskim. Był dyrektorem kliniki chirurgicznej, wykładowcą, dziekanem Wydziału Lekarskiego UW, pedagogiem i wychowawcą polskich chirurgów, członkiem kilku towarzystw naukowych. .
W 1820 przyczynił się do stworzenia Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego, którego był pierwszym wiceprezesem. Synem Andrzeja Franciszka Ksawerego Dybka był doktor Włodzimierz Aleksander Dybek – minister spraw wewnętrznych w powstańczym rządzie dyktatora Romualda Traugutta.
Był członkiem loży wolnomularskiej Przesąd Zwyciężony w 1810Stanisław Małachowski-Łempicki: Dzieje wolnego mularstwa w Krakowie 1755–1822, Kraków 1929, s. 33..
Zmarł 5 lutego 1826 w Warszawie.