od Wiosny Ludów, rewolucji w 1848 papież zaczął przechodzić na stanowisko coraz bardziej konserwatywne. Został wówczas zmuszony do nadania rządzonemu przez siebie Państwu Kościelnemu konstytucji (14 marca 1848) oraz wyrażenia zgody na powstanie dwuizbowego parlamentu we Włoszech, który kategorycznie odmówił przyłączenia się do wojny z Austrią. Pius, chcąc zachować neutralność, nie zajął żadnego stanowiska, co zostało odebrane jako zdrada. W wyniku tego, rozpoczęły się rozruchy w Państwie Kościelnym i 15 listopada 1848 zamordowano Pellegrino Rossiego, ministra sprawiedliwości. Rewolucjoniści wkrótce oblegli Kwirynał, co zmusiło papieża do ucieczki do Gaety 24 listopada. 9 lutego 1849 proklamowano krótko istniejącą Republikę Rzymską. Dzięki pomocy wojsk francuskich, papież zdołał powrócić do Rzymu 12 kwietnia 1850. Zaraz potem, wraz z sekretarzem stanu Giacomo Antonellim, rozpoczął starania o zapobiegnięcie wszelkim ruchom wyzwoleniowym. Jego działania zostały wykorzystane przez premiera Piemontu, Camillo Cavoura, który we wrześniu 1860 włączył tereny Państwa Kościelnego do Królestwa Włoch, po bitwie pod Castelfidardo. Od tego czasu papież przebywał pod ochroną Francji, natomiast władze Włoch zaproponowały mu suwerenność Rzymu i stałą dotację, jeśli zrezygnuje z Państwa Kościelnego.