Pierwszym etapem szeroko zakrojonej modernizacji było uruchomienie we wrześniu 1992 w Braniewie pierwszej w Polsce linii rozlewu piwa do beczek typu keg (jest to typ beczek wykonanych ze stali nierdzewnej, stosowanych do przechowywania pod ciśnieniem piwa lub innych płynów). Drugi etap, zakończony 19 czerwca 1993, objął wyposażenie browaru w najnowocześniejsze ówcześnie linie technologiczne do produkcji piwa – stwarzające możliwości produkcji do 1 mln hektolitrów piwa rocznie oraz jego pakowania do niemal każdego rodzaju opakowania. Browar był określany jako „najnowocześniejszy na wschód od Łaby”. całkowity koszt modernizacji zakładu wyniósł 400 mld ówczesnych polskich złotychBrowar I kategorii Głos Wybrzeża, 1993.06.05-06 nr 129, s. 2.
Rozruch technologiczny zmodernizowanego browaru rozpoczął się 4 czerwca 1993 roku, a 19 czerwca 1993 browar został uroczyście otwarty przez ministra Tadeusza Syryjczyka i rozpoczęto w nim produkcję popularnej marki piwa EBNajnowocześniejszy na wschód od Łaby. Browar w Braniewie już produkuje Głos Wybrzeża, 1993.06.21 nr 141, s. 2.
Pod koniec lat 90. XX wieku główny akcjonariusz w Elbrewery firma Brewpole PTY Ltd. postanowiła wycofać się z działalności w Polsce i w 1998 sprzedała swoje udziały w Elbrewery Co. Ltd.