Występowanie Zamieszkuje płytkie wody przybrzeżne zachodniej Afryki. Manaty afrykańskie wybierają środowiska zbliżone do manata karaibskiego. Przemieszczają się między obszarami morskimi, estuariami i siedliskami słodkowodnymi. Zasięg gatunku ogranicza temperatura wody – manaty afrykańskie rzadko się spotyka w wodach o temperaturze poniżej 18 °C. Północną granicę występowania tego gatunku wyznacza rzeka Senegal, zaś południową rzeka Kuanza w Angoli. Manaty afrykańskie często wędrują w górne biegi rzek, w których żyją – np. w rzece Niger można je spotkać nawet na terenie Mali. Wędrują aż do miejsc, gdzie katarakty bądź bystrza uniemożliwiają dalszą wędrówkę. W okresach suszy zatrzymują się na dłużej w większych jeziorach, takich jak Léré czy de Tréné.
W wyniku budowy zapory na rzece Wolta powstało jezioro Wolta, w którym jedna z populacji manata afrykańskiego została odcięta od morza. Druga odcięta populacja występuje na obszarze wewnętrznej delty Nigru, w odległości 2000 km od morza. Jest to najbardziej oddalone od morza miejsce występowania manata afrykańskiego. Inne odcięte od morza populacje występują w rzekach Logon i Szari. Nie ma danych na temat występowania manatów w jeziorze Czad. Na obszarach morskich wędrują głównie na płyciznach, w obszarach namorzynów.