Kres wielowiekowej tradycji monastycznej w Maria Laach położyło przejęcie opactwa przez Napoleona 6 sierpnia 1802. Dokonano sekularyzacji klasztoru, a zakon został skasowany. Opactwo było w rękach wojsk francuskich, a od 1815 pruskich. Bogate majątki klasztoru sprzedano, zaś w 1855 podpalono wnętrza opactwa, lecz najstarsza substancja zabytkowa szczęśliwie ocalała ze zniszczeń. W 1864, opactwo znalazło się w rękach jezuitów, którzy w budynkach klasztornych założyli szkołę. Odbudowano dawne frontowe skrzydło, zaś zabudowania gospodarcze wzbogacono o nowe stodoły. Natomiast kościół znajdował się w opiece państwa, wówczas dokonano restauracji świątyni. W ramach Kulturkampfu w 1873 wydalono jezuitów z klasztoru.
Na schyłek XIX wieku przypada reaktywacja benedyktyńskiego życia zakonnego. Zakonników sprowadzono z opactwa Beuron. W 1893 Maria Laach ponownie otrzymało status opactwa. Pierwszym przeorem reaktywowanego monasterium został Willibrod Benzler, późniejszy biskup Metz. Cesarz Wilhelm II objął mecenat nad odnową opactwa. Nawiązując do idei dawnego Cesarstwa Rzymskiego ściany kościoła pokryto nową mozaiką nawiązującą do dawnych mozaik katedry w Monreale.