Latem 1867 powierzono mu misję odzyskania od powstańców meksykańskich ciała rozstrzelanego arcyksięcia Ferdynanda Maksymiliana (cesarza Meksyku), co udało mu się dokonać po długich negocjacjach.
Po powrocie, Tegetthoff został powołany na stanowisko komendanta Marynarki Wojennej i szefa Sekcji Marynarki Wojennej w Ministerstwie Wojny Rzeszy, na którym stanowisku zajął się reformami marynarki, w miarę przyznawanych mu z oporami przez ministra wojny środków finansowych. Borykał się także z trudnościami ze strony zwolenników rozbudowy fortyfikacji nadbrzeżnych w miejsce silnej floty. W 1870 z uwagi na niemożność dokonania pożądanych przez siebie zmian i chorobę – rak wargi, z którą walczył od 1866, odszedł ze stanowiska. 7 kwietnia 1871 zmarł w Wiedniu na zapalenie płuc.
Tegetthoff nie ożenił się i nie miał dzieci. Był uznawany za porywczego i surowego, lecz sprawiedliwego perfekcjonistę. Mimo sławy, z powodu cech charakteru i swojego indywidualizmu, nie był popularny wśród wyższych oficerów, natomiast był szanowany i podziwiany przez marynarzy i niższych oficerów.
Imieniem Tegetthoffa nazwano austriacki pancernik „Tegetthoff” typu Viribus Unitis z 1913.