26 września 2008 r. „Rzeczpospolita” ujawniła, że od 1973 do 1990 był zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa o ps. „Janusz”. Jego teczka w IPN o sygnaturze 456/0013/1-3 liczy ponad tysiąc stron. Oprócz informacji spisywanych przez oficerów SB w teczce są podpisane przez ks. Jaguckiego pokwitowania przyjęcia pieniędzy oraz sporządzone własnoręcznie relacje z podróży zagranicznych „Ks. bp Janusz Jagucki, zwierzchnik Kościoła ewangelicko-augsburskiego, był od 1973 do 1990 roku zarejestrowany jako tajny współpracownik SB o pseudonimie Janusz – odkryła luterańska Komisja Historyczna zajmująca się lustracją”..
17 kwietnia 2009 r. podczas wiosennej sesji Synodu Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP ks. biskup Mieczysław Cieślar poinformował, że według ustaleń Komisji Historycznej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Rzeczypospolitej Polskiej: „Nie ma żadnych wątpliwości co do tajnej i świadomej współpracy bp. Jaguckiego. Uzasadnienie zostanie przedstawione członkom Synodu Kościoła, a do nich będzie należała ocena tego faktu”. W trakcie drugiego dnia Synodu 18 kwietnia 2009 roku ks. biskup Janusz Jagucki złożył wniosek o wotum zaufania. Za udzieleniem wotum zaufania opowiedziało się 26 członków synodu, przeciw 31, wstrzymało się 7. W związku z zaistniałą sytuacją Synod postanowił skrócić kadencję bp.